办公室  负责机关内部事务，组织承办综合性会议和各种培训活动；起草机关综合性文稿；负责文件处理、政务信息、文书档案、安全、保密、信访、农经队伍建设和退休干部服务等工作。

经营管理科  负责农村经营管理、农村扶贫开发、农民负担和农村合作经济发展指导工作，研究提出深化全区农村经济体制改革意见，指导农村土地承包、流转和承包合同签订、农村土地承包经营权证书管理工作；指导农村集体经济组织和农村社会化服务体系建设，指导农村集体经济和民营经济发展。负责监督检查有关农民负担管理法律法规和政策的执行情况，研究起草减轻农民负担的政策措施；指导农民负担监控网络建设，指导和监督农民负担监督卡的填制和发放，查处加重农民负担行为。负责农经统计、农情调查和农村经济形势分析。

新农村建设科（挂征地安置科牌子）  参与研究农业和农村经济发展中长期规划,指导农业资源区划和农村现代化试验，组织实施农村现代化项目；参与研究促进农村劳动力转移办法，指导农村小康示范村和农村小城镇建设；统筹协调全区新农村建设工作，掌握全区新农村建设工作动态。负责政策性农业保险、被征地农民安置和农村现代化工作。负责全区农村集体经济组织成员资格的界定指导和动态管理工作，督查指导被征地村组及时制订被征地农民安置方案；负责被征地农民安置方案的受理、报批和被征地农民身份证明打印发放工作，负责各类征地补偿公告的签收、汇总工作；负责指导征地补偿和被征地农民安置政策的宣传贯彻，负责综合、研究、处置、反馈征地补偿和被征地农民安置工作的新情况、新问题，总结推广征地补偿和被征地农民安置工作中的成功经验、典型做法。

农村集体资产财务管理和审计科  负责农村财务辅导、农村集体资产管理，研究提出加强农村财务和农村集体资产管理的综合性意见。负责农村集体经济专项审计，村干部任期目标审计、离任审计和村级班子对村级事务的动议、决策程序、决策效果审计等的指导，直接调审、抽审部分村（社区）经济合作社，指导农村基层加强党风廉政建设和干部的廉洁自律、监督管理。

区农村合作经济经营管理站  为农工办下设股级建制全民事业单位。